La tercer temporada da comienzo en Estados Unidos en Octubre de 2006 y consta de 23 episodios.

Los supervivientes comienzan a tener contacto con Los Otros apareciendo por primera vez flashbacks referidos a los distintos personajes.

Jack, Kate y Sawyer se encuentran en cautiverio como prisioneros de Los Otros pero luego consiguen escapar gracias a la trampa tendida por parte de Jack hacia Ben (el líder de los otros). Jack se queda pero Kate y Sawyer convencen a Locke y a Sayid para intentar rescatar a Jack.

Locke destruye el submarino de los otros lo que genera un conflicto debido al trato amistoso entre el propio Jack y Los Otros. Varios de estos mueren bajo la trampa tendida por Jack y sus compañeros.

Charlie y Desmond finalmente logran establecer comunicación gracias a un teléfono via satelite perteneciente a una paracaidista (Naomi) por lo que logran el contacto con un barco.